蜂窩活性炭靠平時簡單的清洗，是無法將活性炭的多孔隙中堵塞的雜物清潔干凈的。所以，務必定期更換活性炭，以免活性炭因“吸附飽和”而失去功效。且不要等它失效以后再更換，如此方可確保活性炭能不斷地把水族箱水質中的有害物質去除，建議每月更換1-2次活性炭。
蜂窩活性炭的處理水質的效率與其處理用量相關，通常為“用量多處理水質的效果也相對好”。定量的蜂窩活性炭被使用后，在使用初期應該經常觀測水質的變化，并留意觀測結果，以作為多長時間活性炭失效而更換的時間判斷依據。在使用治療魚病的藥劑時，應該暫時將蜂窩活性炭取出，暫停使用。以免藥物被活性炭吸附而降低治療效果。
使用前要清洗去除粉塵，否則這些黑色的粉塵可能暫時會影響水質的清潔度。但建議不要直接用新鮮的自來水沖洗，因為活性炭的多孔隙一旦吸附大量自來水中的氯以及漂白粉，在隨后放置到過濾器中使用時對水質造成的破壞。
在儲存或運輸時，應防止與火源直接接觸，以防著火。在運輸過程中，不得用鐵鉤拖拽，應防止與堅硬物質混裝，不可強烈振動、磨擦、踩、砸，嚴禁拋擲，應輕裝輕卸，以減少炭粒破碎，影響使用。在裝填使用時 應先篩去因搬運產生的碎粒與粉塵。
